Chřiby nezabírají velké území a přesto zde najdeme velmi hodnotné přírodovědné i krajinářské lokality. Nepatří sice mezi chráněné krajinné oblasti, ale nachází se zde 2 přírodní parky a 12 zvláště chráněných území - jedná se o 4 přírodní rezervace a 8 přírodních památek. Slouží k ochraně místní flóry a fauny, která je zde druhově velmi pestrá a bohatá. Nejzajímavější skupinou jsou bezobratlí živočichové včetně vzácných korýšů a dále zde žijí některé vzácné druhy obratlovců, zejména plazi a obojživelníci.
      V popisovaném území se nachází 12 maloplošných zvláště chráněných území ( 4 přírodní rezervace, 8 přírodních památek ), 2 přírodní parky. Přírodní i historické zajímavosti přibližují návštěvníkům tři naučné stezky.

Přírodní rezervace:
Holý kopec - k.ú. Buchlovice, okres Uherské Hradiště, výměra 92,09 ha - lesní komplex přirozených doubrav a bučin s bohatou škálou lesních typů a vzácnými druhy flóry a fauny.
Moravanské louky - k.ú. Moravany, okres Hodonín, výměra 8,7 ha - lužní společenstvo v centrální části Chřibů s prvky teplomilné a vlhkomilné vegetace s řadou chráněných druhů rostlin.
Stará hráz - k.ú. Lískovec, okres Kroměříž, výměra 7,76 ha - společenstvo přirozených květnatých bučin a jasanových olšin s výskytem chráněných druhů rostlin.
Záskalí - k.ú. Kostelany, okres Kroměříž, výměra 31,82 ha - společenstva typu bohatých dubových bučin s výskytem vzácných druhů rostlin.

Přírodní památky:

Barborka - k.ú. Buchlovice, okres Uherské Hradiště, výměra 7,96 ha - stará přirozená dubová bučina s reliktní borovicí na pískovcových bradlech.
Drážov - k.ú. Zdounky, okres Kroměříž, výměra 0,35 ha - výslunná stráň s teplomilnou květenou.
Kamenec - k.ú. Zdounky, okres Kroměříž, výměra 3,0 ha - vlhká olšina a travnatá stráň s jalovci.
Kazatelna - k.ú. Koryčany, okres Kroměříž - skalisko z pískovce magurské vrstvy.
Komínky - k.ú. Kostelany, okres Kroměříž - soustava skal a skalek z magurského pískovce v porostu tvořeném bukem, dubem a habrem a bohatým bylinným patrem.
Kozel - k.ú. Koryčany, okres Kroměříž - velký skalnatý blok z magurského pískovce v bohatém bukovém porostu.
Obora - k.ú. Kotojedy, okres Kroměříž, výměra 14,44 ha - zalesněný svah kopce Obora s četnými druhy vzácných a chráněných druhů rostlin.
Pískovcové skály a jeskyně Budačina - k.ú. Halenkovice, okres Zlín, výměra 8,06 ha - komplex několika mohutných pískovcových skal s pseudokrasovou jeskyní.

Přírodní parky
Chřiby - výměra 9 790 ha - na 21 katastrálních území obcí v okrese Kroměříž je chráněna příroda a krajinný ráz této části Chřibů.
Stříbrnické paseky - výměra 154 ha - ochrana krajinného rázu území s roztroušenou zástavbou na JZ svazích Chřibů v okrese Uherské Hradiště.